Camii Külliyenin iskeletini oluşturan üç temel yapıdan ikincisidir. İnşa kitabesi olmadığı için tam yapım tarihi bilinmemektedir. Ancak Maraş Emiri Nusretuddin Hasan Bey, Ribat’ı 1215’te, Han’ı 1232’de inşa ettirir ve 1234’te vefat eder. Dolayısıyla Camii’nin 1215-1234 yılları arasındaki bir tarihte inşa edildiği tahmin edilmektedir. Camii’nin yaptırıcısı (banisi) Anadolu Selçukluları’nın Maraş Emiri Nusretuddin Hasan Bey’dir. Cami mağaranın ön kısmına yapılmış.

Camii’nin bulunduğu yerde daha önce, Bizans İmparatoru II. Theodoius tarafından M.S. 446’da yaptırılan ve günümüzde İsa Mescidi adıyla bilinen bir Kilise bulunmaktaydı. Kur’an-ı Kerim’de Kehf Suresi’nin 21. ayetinde, olaya şahit olanlar tarafından mağaranın yanına bir mescid yapıldığı belirtilmiştir. Hıristiyan kaynaklarında, Eshab-ı Kehf’in Bizans İmparatoru II. Theodoius’un saltanatının 38. yılında uyandığı ve bu kilisenin de 446’da yapıldığı belirtilmiş. Bazı kaynaklara göre ise İsa Mescidi 377 yılında yapılmıştır. Kiliseye ait olan sütun, sütun başlıkları ve mermer mihrabiye gibi bazı malzemeler, cami inşasında devşirme malzeme olarak kullanılmış ve böylece kutsal mağara, kısmen de olsa kilise ve cami uyumlu bir şekilde kaynaştırılmıştır. Mihrap önü kubbesi ile onun önünde üç bölüm halinde uzanan sahınlar, Anadolu Selçuklu ulu camileri geleneğine uygundur.