Güney duvarındaki kapıdan kutsal mağara bölümüne geçilir. Mağaranın ön (kuzey) kısmında paralel iki sahından oluşan giriş mekânı bulunur. Kuzeydeki ilk sahın yuvarlak bir kemerle diğer sahna açılır. Mağaraya girişin sağlandığı güneydeki çarpık planlı sahın kayanın oyulmasıyla oluşturulmuştur. Bu sahının doğu duvarındaki pencere, caminin harim kısmına açılır. Güney tarafında kayaya oyulmuş basit bir mihrabiye ve mağaraya girişin sağlandığı geniş bir açıklık bulunur. Batı tarafta ise kaynak su (pınar) bulunmakta olup bu su, ziyaretçiler tarafından zemzemle eş tutulup, kutsal kabul edilerek içilmektedir. Hafif eğimli ve dalgalı bir zemine sahip olan mağara içten yaklaşık 10 m x 15 m ölçülerinde ve tavanın zeminden yüksekliği ortalama 1.10 m’dir.