Ribat’ın üst kısmına tuğla malzemeden inşa edilen ikinci yapı Medrese’dir. Medresenin inşa kitabesi olmadığından tam yapım tarihi bilinmemekte ancak 1480-1492 tarihleri arasında Dulkadir Beyliği Hükümdarı Alaüddevle Bey tarafından yaptırıldığı bilinmektedir. Alaüddevle Bey Medrese’yi, Külliye’nin bulunduğu alanın yetersiz olmasından dolayı, arazinin topografik yapısından faydalanarak Ribat’ın üzerine yaptırır. Medrese, tuğladan inşa edilerek ribatın üzerine binen ağırlık hafifletilmiştir.

Arşiv belgelerine göre Medrese 1906’ya kadar işlevini sürdürmüştür. Medrese, kapalı avlulu ve bir eyvanlı medreselerin plan şemasına göre tasarlanmıştır. Çarpık planlı olan bu yapı, dıştan yaklaşık 14 m x 19.40 m ölçülerinde. Batı cepheye üç tane çörten (oluk) konulmuş. Yapı sade bir şekilde inşa edilmiş ve medrese öğrencilerinin eğitim görmelerine uygun bir şekilde planlanmıştır. Türk medrese mimarisinde, bu yapının planına benzer bir başka örnekle karşılaşılmamaktadır.